电视剧《飞狐外传》结局了，众人挟持了福安康，得到了皇帝的手谕：止戈相安。朝廷和武林人士算是和解了。不过这一次福安康办的掌门人大会，虽然没把武林人士一网打尽，可也死了不少人。
苗人凤多年来一直在追查胡一刀中毒身亡的真相，然而一直没有线索。直到田归农挟持苗若兰，把他抓住后，他才从得意忘形的田归农嘴里得知真相，可田归农不知道，南兰也在外面偷听。
田归农资质平庸，却心比天大，不甘心跟在苗人凤身边，听他使唤。他其实早就想除掉苗人凤了，这样他才有出头之日。胡一刀刀上的毒，就是他干的，他本想借胡一刀之手除掉苗人凤，却不想他们比试时互换了刀剑，胡一刀成了苗人凤的替死鬼。另外苗人凤的眼睛也是他让人毒瞎的。
田归农露出真面目，苗人凤愤怒，南兰却崩溃了。在田归农的虚情假意之下，南兰已经决定放下苗人凤和苗若兰，和他安稳过日子。南兰爱田归农，但对苗人凤只有感激，因为她说田归农出事，她也不会独活，苗人凤可没这样的待遇。然而真相却是残酷的，南兰只是田归农打败苗人凤的战利品，看到南兰在他身边，能满足他的虚荣心。
为了玉龙杯，更是为了名利，田归农去参加掌门人大会，临行前，南兰为他穿上了嫁衣。田归农满心欢喜，却不知南兰不仅是给他送行，还以此彻底断绝他们的关系。
南兰砍断困住苗人凤的铁链后，一切便可以交给他了。苗人凤武林第一高手，名不虚传，他一人一剑，直接杀穿田府，带着南兰和苗若兰回家。
胡斐化名程灵胡在掌门人大会上大出风头，田归农带着石万嗔来了。田归农宝刀在手，胡斐确实不是他的对手，关键时刻，苗人凤一脚踢碎大门，闯了进来。接着就是苗人凤怒杀田归农。田归农才刚得到玉龙杯，自然是死不瞑目，也算是罪有应得。
其实苗人凤来之前，就知道自己可能有去无回，说这辈子有南兰和苗若兰是他之幸。南兰当然也知道，她认为苗人凤是一个真正的侠，他会为了心中道义，不顾自己的生死。
苗人凤被葬在胡一刀夫妇旁边，没多久这里又添上了程灵素。《飞狐外传》的故事其实是一个悲剧。南兰与苗人凤田归农，胡斐和袁紫衣程灵素，他们最终都没有一个圆满结局。袁紫衣最后没有还俗，胡斐把昙花玉牌带在身上，不知是思念袁紫衣还是怀念程灵素？南兰独自抚养苗若兰长大，几年后，胡斐前去祭拜，给苗若兰说起了昙花一现的故事。
雪山中，一只狐狸出现，新的故事要开始了。有人的地方就有江湖，江湖的故事永远不会结束。
