案发经过“小白菜”是个绰号，她本来姓毕，嫁给葛品连后，按当时习惯称为葛毕氏。葛品连夫妻曾经在杨乃武家租住，杨乃武是新中秀才，他和妻子曾经与葛毕氏同桌吃饭，杨乃武还教小白菜识字读经。因为风声不好，葛品连夫妻离开杨乃武家，借住到王心培家。后来，葛品连突然身患重病死亡。时值酷夏，尸体剧烈变化，惨不忍睹。
葛品连的母亲姓喻，在葛品连的父亲去世后改嫁于沈体仁，因此称为沈喻氏。沈喻氏认为儿子非正常死亡，到官府报案。知县刘锡彤带仵作沈详前去验尸，沈详误将尸体验为砒毒死亡。刘锡彤的长随沈彩泉，听稍懂医学的秀才陈湖说葛品连是中毒死亡，就对刘锡彤说杨乃与小白菜通奸。刘锡彤也就先入为主，怀疑杨乃武与小白菜通奸。沈喻氏在报案时并未指控有人谋害葛品连。
接到沈喻氏的报案，刘锡彤就将杨乃武和小白菜二人拘传到案，严刑逼供，讯问他们如何通奸，最终使二人屈打成招，供认是通奸。为寻找毒物，杨乃武在重刑之下，胡乱编造是从钱宝生的药铺买的。刘锡彤让陈湖事先写信告诫钱宝生，认可杨乃武在他的药店买了。因此，钱宝生出具证明，证明杨乃武在自己的药铺买了去药老鼠。沈详并未用皂角水擦洗银针，就认定葛品连是中毒症状。刘锡彤因此认为案件证据齐全，将杨乃武、小白菜按照通奸杀死本夫，分别判处斩立决，凌迟处死，上报到知府。并且，在修改完善案卷后，将案件上报按察使。
知府陈鲁经过审查，发现尸体检验有问题，就将杨乃武和小白菜一干人等押解审理。审理后，将尸验报告改为用皂角水擦洗。沈喻氏得知尸验结论后，也将原来报称的口鼻流血，改为七窍流血。
按察使蒯贺荪是个糊涂官，开堂审理杨乃武与小白菜案，走完过场，就原模原样的将案件上报浙江巡抚。浙江巡抚杨昌浚派出皋台会审杨乃武与小白菜案。虽然官官相护，皋台还是发现案件漏洞百出，杨昌浚就派候补知县郑锡皋去余杭秘密调查。刘锡彤热情迎接郑锡皋，并盛情款待。结果，郑锡皋知法犯法，只到钱宝生处做了一下核实，就将案件以情况属实、原审没有冤屈之处，也没有滥用刑罚，上报。杨昌浚因此认为案件无冤无滥，将杨乃武、小白菜再次定罪。
后来，因给事中奏报杨乃武与小白菜案瞻前顾后，徇私枉法，特别指派胡瑞澜提审，嗣后该侍郎仍然按照原来的处理结果，将案件上报。经过刑部复查，以情节前后不符，将案件发回重新审理。根据都察院的奏报，浙江绅士汪树屏等联名控告，朝廷发圣旨将该案交刑部进行审讯。刑部经过提押证人，调取葛品连的尸体、棺材，验明葛品连确实是因病死亡，而不是服毒死亡。因此，根据御史王昕的奏报，朝廷又指令刑部彻底复查此案。
刑部报告刑部经过复查，就杨乃武与小白菜案产生详细报告。查明浙江省余杭县民妇葛毕氏毒死丈夫葛品连一案，尸体检验不属实，存在枉法裁判情形，诬陷了好人，导致办案人员、死者家属越级上告、要求重新验尸，刑部依照法律审理完结。
本案仵作沈详草率大意，将病死发生变化的尸体，错误检验为服毒而死，导致他人被判处凌迟重罪，不可和寻常的疏忽大意同日而语，应该依照检验不实，过失错判他人死刑，但未处决，依照刑律规定减轻四个等次，拟杖八十，徒三年。
刘锡彤虽然经过审讯，没有挟私报复、索贿受贿等情节，但是他在案件处理伊始，就听任仵作草率相验，继而谎报用皂角水擦洗了验尸银针，又涂改了验尸情节。并刑讯逼供，将葛毕氏等屈打成招，命令章溶写信让钱宝生，引诱钱宝生出具虚假证言，网罗罪名，制造假案。如果仅仅依照刑律规定的因过失判处他人死刑、而未处决的规定，对刘锡彤处以徒刑，就特别让人感到处罚畸轻，放纵犯罪。因此请求朝廷从重判处，将其发往黑龙江效力赎罪。虽然刘锡彤年过七旬，也不准依照老疾准赎的规定，用金钱代替刑罚。
陈鲁对于下属州县的验尸错误，在案件审理中，毫无觉察，在将人犯押解到府、督办审理时，草率的靠刑讯逼供取得供词，胡乱结案，有不亲自提审所谓的者钱宝生，查明的来历，实属草菅人命。
仵作沈详草率大意，将病死发生变化的尸体错误检验为服毒而死，导致他人被判处凌迟重罪。不可与寻常的疏忽大意，同日而语，应该依照检验不实、过失错判他人死刑、但未被处决，依法减轻四个等次，拟杖八十，徒三年。
边保诚由学政安排审理该案，没能彻底查实，只按原来审理情况，照抄照报。郑锡皋受巡抚指派，秘密查询案情，并未详细查访，草率的以原审没有冤情、没有滥用刑罚，糊糊回复，同原审问官员同流合污，其过错勿庸置疑，都应依照承审官员没有证据、草率定案、枉法裁判、诬判人罪的法律规定，分别拟处革职。
杨昌浚在审查、报告案件过程中，没有查出冤情，在死者家属到京控告、交其审理后，又不能根据实情，冤假错案，瞻前顾后，徇私枉法。胡瑞澜对于根据特别圣旨交办的大案要案，经过审讯，发现案情与原审报告存在不符之处，未能寻根究底，查明真相，详细检验，而是草率上奏，几乎导致两条人命落地。但他们都是高官大员，其处理应由朝廷定夺。
按察使蒯贺荪因过失导致人犯被判死刑，本来应该依法惩处，但因为其已经死亡，湖州知府锡光等复查此案，因为尚未结束，均不予追究责任。
沈彩泉在验尸现场和仵作争论，固执己见，说死者是中毒死亡，实属胆大妄为，飞扬跋扈，应该依照长随人员倚仗官员、惹事生非、怂恿犯罪、为所欲为，最终连累本官，导致流放的罪行，按照同罪处罚，拟处杖一百，流三千里。
沈喻氏因为儿子突然死亡，形迹可疑，因此呼喊求救，报官验尸，但并未指控是谁人投毒谋害，并不构成诬告陷害谋死人命。沈喻氏在知府审理的时候，弄虚作假，经盘问说出投毒谋害的情节，也是因为丧子痛苦、这一人之常情所导致。依照刑律规定，诬告人犯死罪、但被诬告者没有受到处决，应该判处一等流刑，并处徒刑。沈喻氏应该在此基础上，减一等惩处，拟处杖一百，徒四年。
王心培不明真相，就根据沈喻氏的假言照猫画虎，信口雌黄，过错明显。但他在到案传讯时，就将实情如实交代，并没有自始至终作假证。章浚是杭州知府的幕友，受刘锡彤嘱托，向同村开药铺的钱宝生写信嘱咐，作伪证，属违法。
葛毕氏诬称，杨乃武与她同谋并指令她投毒谋害丈夫，经审查是因为刑讯逼供导致。但葛毕氏在杨乃武家借住时，就不避嫌，违反男女授受不亲，导致人们非议，许多人异口同声的说她和杨乃武通奸。小白菜虽然和杨乃武没有通奸行为存在，但终究属于不守妇道。应该与王心安等分别依照不应为而为这罪的加重情节惩处，拟处杖八十。撤销章浚的训导职务。
杨乃武经审讯没有与葛毕氏通奸的确切证据，但却与葛毕氏同桌一起吃饭，为她教授经书，也属于不知避嫌。杨乃武还诬陷何春芳在葛品连家嬉戏玩闹，虽然是为开脱自己的罪责，并不是故意陷害，但毕竟属于在押犯诬陷正常人，违反了法律规定，应该杖一百。其举人已经被取消，所以不再重复处罚。姜位隆、刘淀臣给沈喻氏写字帖，经审查是为资助其旅差费用，但也属于多事惹事，好心办坏事，分别依照不应罪的减轻情节惩处，笞四十。
该案情节严重，虽然案件发生在光绪元年正月二十四日赦免恩诏之前，但为惩前毖后，所有罪犯都不得以此申请减免。
陈湖劝说钱宝生诬认自己卖过，本来应该依法惩处，但其已经在监狱死亡，和在家中病故的钱宝生一样，都不再追究。
葛品连的尸体、棺材，经过多次检验，确切无疑，仍然交由浙江原押送的知县袁来保等人，连同仵作沈详、门丁沈彩泉以及原审案卷交浙江巡抚，分别依照规定选取地点发配人员、领回尸体棺材予以掩埋。
依法应该收取赎金的沈喻氏，并处笞杖的王心培，都由刑部分别计算收取赎银，将全案证人、连同陈湖的尸棺，通知原籍将人员保释，尸棺掩埋，免得提解麻烦。
皇室谕旨经刑部提解证人，调取葛品连尸棺，验明其确系因病死亡，而不是服毒死亡。因此，将尸体检验不实的知县刘锡彤开除职务，进行审判。根据御史王昕的奏报，该案承审官员瞻前顾后，徇私枉法，又指令刑部彻底复查该案。
现根据刑部提审查明的案情，拟定处理结果。该案中已经撤职的杭县原知县刘锡彤误将病死验为毒死，对葛毕氏、杨乃武刑讯逼供，使他们虚假供述因为通奸并谋害死葛品连。刘锡彤枉法裁判，致人重罪，荒唐透顶。因此，按照刑部的处理意见，将刘锡彤从重发往黑龙江效力赎罪，而且，不准以老疾收赎。
陈鲁对下属知县的验尸错误，毫无觉察，并没有查明案情，草率上报案件，实属玩忽职守，草菅人命。
龚世潼承审此案，未能详细审查，草率定案，经巡抚指派秘密查访案情，而没有查出冤情，在死者家属赴京控告后进行复查，又不能根据实情。而且，在奉旨交胡瑞澜提讯后，又以原审官员并无严刑逼供等敷衍塞责，无理辩解，进行庇护，显属不当。
胡瑞澜对特旨交其审理大案要案的审讯情节与原报告不符，不能寻根究底、详细复查检验，草率上报结案，尤其属于屡次辜负皇上重望，均立即撤职，其余人员都按刑部意见处理。
人命关天，大案要案，罪名的有无出入，生死攸关，只有承审官员尽心尽力，审查研究，才能保证不枉不纵。葛品连死亡一案，巡抚等审问不实，自始至终官官相护，几乎导致两人受冤被处死，令人震惊。以后各省督办提审办案时，务必要带领下属悉心研究，做到事实清楚，量刑适当，不得有丝毫轻率，以不辜负朝廷查明案件、谨慎用刑的意愿。
分析思考晚清腐败黑暗，司法领域概莫能外，杨乃武与小白菜冤案的发生，也是偶然之中有必然。官场的腐败，官员的无能、特别是司法无能，直接导致了杨乃武与小白菜冤案的发生。令人深思的是，杨乃武与小白菜案，刑部审理查明的案件事实中，并没有明显的行贿受贿、贪赃枉法，而更多的是因为官员的平庸无能、不负责任、浑浑噩噩、麻木不仁、严刑逼供、官官相护。封建社会本来就行政、审判不分，更不用说起诉和审判分离。审理杨乃武与小白菜案的官员，大多数是行伍出身，没有任何审判阅历和经验，而掌握生杀予夺的审判大权。没有金钢钻，揽不了细磁活，让这些军官、外行履行审判职权，办不了错案只能是痴心妄想，而他们办出冤假错案，虽然是人们不愿意看到的，在一定程度上却真的是不可避免的。
前车之覆，后车之鉴，杨乃武与小白菜案告诫我们，必须加强司法队伍职业化、专业化建设，提高司法能力，以此保证司法质量和水平。必须注重庭审环节和证据规则，正确运用非法证据排除规则，彻底杜绝刑讯逼供，把每一个案件都办成经得起法律和历史检验的铁案。
必须加强公检法司法各部门的相互制约，相互监督，切实提高案件质量和水平，杜绝冤假错案。而不能只讲配合一致，不要监督制约，齐心协力办冤假错案。必须保证人民法院和人民检察院独立司法，杜绝部门及其他方方面面对于司法的干预，切实杜绝官官相护，坚定不移的独立、严格、公正司法。
这既是人民群众的积极企盼和司法公正的迫切需要，也是《中央关于全面推进依法治国若干重大问题的决定》的明确要求，必须积极认真履行，真正落实到位。
